Bien qu’une petite partie de son bassin versant soit influencée par l’activité humaine, il existe encore des sites de pollution potentiels. En particulier, les activités associées à la carrière Gayton, située de part et d’autre de la rivière près de la route 6, constituent une menace potentielle pour la qualité de l’eau. La rivière subit l’influence des marées jusqu’à la chaussée, en dessous de laquelle on trouve différents niveaux de salinité selon le niveau de la marée, lorsque l’eau douce de la rivière se mélange à l’eau salée des eaux de la marée montante.

Le pont-jetée de Memramcook, construit en 1973, appartient et est exploité par la province du Nouveau-Brunswick. Situé sur College Bridge, il modifie les caractéristiques hydrologiques de la rivière, créant le lac Memramcook, et change les fonctions de son écosystème naturel sur 400 km2. Lorsque les vannes du pont-jetée sont ouvertes, la rivière voit son volume d’eau augmenter, ce qui entraîne la mise en suspension des sédiments et de fortes fluctuations de paramètres tels que l’E. coli, la sédimentation et la salinité. Ces fluctuations spectaculaires sont stressantes pour les organismes aquatiques qui vivent dans la rivière et rendent difficiles les généralisations sur l’état de santé de la rivière. Le pont-jetée sert également de barrière périodique au passage des poissons lorsque ses vannes sont fermées et, en l’absence d’échelle à poissons, continue de faire obstacle aux conditions naturelles de passage des poissons sur environ 60 % (240 km2) du réseau hydrographique de la rivière Memramcook.

La chaussée a également entraîné la suppression de plusieurs kilomètres d’estuaire en amont, ce qui a affecté l’amplitude historique des marées et l’échange d’eau salée et d’eau douce dans le système. Le pont-jetée de Memramcook est responsable de l’élimination de presque toutes les espèces de poissons historiques du système fluvial, y compris le saumon atlantique de l’intérieur de la baie de Fundy, l’alose feinte, le bar rayé, le poulamon atlantique, l’omble de fontaine de la mer et d’autres espèces. Le pont-jetée de Memramcook reste également responsable de l’accumulation de dépôts massifs de sédiments en aval, ce qui réduit la largeur de la rivière Memramcook et affecte les vasières de la baie de Shepody, un habitat essentiel pour les oiseaux de rivage migrateurs. À l’automne 1999, la province du Nouveau-Brunswick a entamé le processus de rétablissement du libre écoulement de la rivière Memramcook à la demande de la communauté. Le plan de restauration de la rivière Memramcook n’a pas encore été mis en œuvre. Toutefois, la suppression du pont-jetée de Memramcook reste une priorité absolue pour la communauté.

La branche sud de la rivière Memramcook est située dans la partie supérieure du bassin versant de la rivière Memramcook et a une superficie de 12 km². L’habitat physique entourant la zone supérieure de la rivière est boisé, ce qui entraîne des dépôts importants de matières organiques. Ces dépôts se déposent dans le substrat et, au cours de leur décomposition, libèrent de l’acide humique, ce qui donne parfois à l’eau une couleur jaune. La présence de castors dans la région entraîne la formation fréquente de barrages et d’étangs ainsi qu’une réduction de la vitesse de l’eau.