Le ruisseau Stony est situé dans la partie supérieure du bassin versant de la rivière Memramcook. Le sous-bassin versant du ruisseau Stony a une superficie d’environ 25 km².
Près de son embouchure, l’habitat physique du ruisseau est caractérisé par la présence de boue et de limon sur les berges et le lit du cours d’eau. Dans cette partie, la région environnante du ruisseau Stony est principalement ouverte et composée d’herbes hautes.
Près de la voie ferrée, il y a présence d’érosion sur la vraie rive droite. Des sédiments en grande quantité sont également observés. Passé la route transcanadienne, l’habitat physique de Stony Creek s’améliore considérablement et le substrat est constitué de gravier et de roches. Dans cette partie du cours d’eau, la zone environnante est principalement boisée.